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一、【保姆级教学】Cytoscape绘制互作网络图详细教程,给文章精装修
Cytoscape绘制互作网络图详尽教程
一、Cytoscape软件介绍Cytoscape是一个开源软件平台，专门用于可视化分子相互作用网络和生物通路，并能将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数据集成。它提供了丰腴的工具和功能，帮助研究人员深入分析和理解繁琐的生物网络。目前最新版已更新到3.10.2。官网：https://cytoscape.org/下载地址：https://cytoscape.org/download
二、PPI分析获取PPI结果文件以上下调top20的差异基因为例，将基因列表导入STRING网站。选择Multiple proteins和物种信息，点击search，得到网络图。导出结果表格，选择TSV格式，便于Cytoscape软件打开。结果导入Cytoscape，开始美化导入数据：将TSV文件导入Cytoscape，设置第一列和第二列分别为source node和target node，得到初始图形。导入差异基因表格：添加基因的附加信息，如差异倍数、上下调信息等。设置节点颜色：按照Regulation列设置节点颜色，上调为红色，下调为蓝色。设置节点形状：选择圆形，并锁定纵横比。分析网络：使用tools工具栏中的analyze network功能，Degree列表示该节点连线的个数。删除或选择节点：使用Ctrl键+鼠标左键选择图形，delete键删除单独的节点。设置节点大小：按照Degree值设置节点大小，Degree值越大，节点形状越大。排列节点：选择Degree最大的节点，移动至旁边空白位置；选择Degree为10-12的节点，设置排列方式为环形；同样，选择剩下的节点，设置排列方式为环形，并调整环形大小。自定义字体和连线属性：左侧操作栏可以自定义字体大小、颜色等；点击左下角Edge，可以设置连线的属性。导出结果图片完成美化后，选择File->Export->As Image，导出结果图片。
三、ClueGO富集分析安装ClueGO插件进入https://apps.cytoscape.org/apps/cluego网站，安装ClueGO插件。安装成功后，在Cytoscape的Apps菜单栏可以看到ClueGO。GO富集分析输入差异表达基因列表，选择物种和背景基因集（默认有多种数据集，包括GO、KEGG、REACTOME、WIKIPATHWAY等）。设置阈值，只显示p<=0.05的term，点击运行。下方为GO富集结果，可以勾选展示不同的term，并导出富集结果。对网络图进行微调，使其更加美观。使用CluePedia插件展示富集结果安装CluePedia插件：https://apps.cytoscape.org/apps/cluepedia如果在线安装失败，可以下载CluePedia的jar文件，在Cytoscape中离线安装。使用CluePedia插件改变网络的展示形式，展示显著基因与pathway之间的联系，得到包含基因的pathway图。使用鼠标对edge进行微调，也可在Layout中进一步调整图片展示形式。
四、总结通过本文的详尽教程，我们了解了如何使用Cytoscape绘制PPI互作网络图，并使用ClueGO和CluePedia插件进行富集分析。Cytoscape提供了丰腴的工具和功能，帮助研究人员深入分析和理解繁琐的生物网络。同时，官网还有很多好用的app插件，大家可以多多尝试。希望本文能够帮助大家更好地使用Cytoscape进行生物网络分析和可视化。如有更多问题，欢迎咨询欧易生物学术团队。
二、...| (五)蛋白互作网络分析(STRING + Cytoscape)
蛋白互作网络分析（STRING + Cytoscape）实操指南蛋白互作网络（Protein–protein interaction, PPI network）是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式，它通过将多个蛋白间的相互作用关系以线条连接形成网状结构，帮助我们明确蛋白
一、PPI信息获取（STRING数据库）导入蛋白列表访问STRING数据库（网址：https://cn.string-db.org/）。在Multiple proteins界面粘贴或上传待分析的蛋白ID列表。选择样品的物种来源，如人源对应Homo sapiens。点击SEARCH进行搜索。查看并调整PPI网络搜索后，会转到总结界面，注意核对反馈的蛋白数目。点击CONTINUE，获得初步的蛋白互作网络。在设置界面（Viewers、Legend、Settings、Analysis、Exports、Cluster、More/Less）中，可以调整蛋白相互作用评分的范围、类型、数据来源等，以获得不同可信程度的PPI网络。聚类与导出在Clusters区域，通过不同算法对相互作用蛋白进行分簇，将互作网络划分为不同聚类。在Exports区域，导出不同格式的互作网络分析结果，通常可下载蛋白互作TSV文件进行后续美化和分析。
二、使用Cytoscape软件对蛋白互作网络进行分析和美化下载安装Cytoscape软件访问Cytoscape官网（网址：https://cytoscape.org/）下载并安装软件。导入蛋白互作信息在Cytoscape主界面的file – import - Network from files中导入从STRING下载的蛋白互作网络文件。导入后，蛋白互作网络将出现在软件界面的右上角。导入其他相关定性定量数据在file – import - Table from files中导入蛋白定性定量数据（如差异倍数和p值）。确保第一列为蛋白基因名，与导入的互作网络文件中的名称保持一致。导入后，下方Table Panel中将出现导入的信息列。节点大小颜色调整和设置点击左栏Style，对网络进行调整。选择不同的网络风格，对网络细节进行调整。在Node部分，可以调整蛋白节点的形状、大小、颜色和文字等。锁定节点纵横比后，根据蛋白表达差异倍数调整节点大小。Edge部分为节点间的连线设置，Network和Column分别为网络和表格的整体设置。功能插件的使用访问Apps>App Store下载并安装功能插件。推荐插件：stringApp：一站式蛋白互作网络构建，适合构建大型网络。MCODE：生成和提取紧密联系子网络。yFiles Layout Algorithms：提供多种网络模式图设置，优化网络布局。导出PPI网络图完成网络构建和美化后，选择File-Export-Network to Image导出蛋白互作网络图片。
三、总结STRING数据库分析结合Cytoscape绘图是当下进行蛋白互作网络分析的主流方法。通过调整PPI网络的设置、导入相关数据和利用功能插件，可以制作出既美观又高端的蛋白互作网络图。此外，还可以尝试其他插件如GlueGO/BinGO进行功能聚类富集分析，以及使用Wikipathway分析绘制蛋白信号通路图，以进一步丰腴分析结果。
三、Cytoscape使用方法及插件MCODE和Centiscape的使用
Cytoscape使用方法及插件MCODE和Centiscape的使用
一、Cytoscape软件的下载安装Cytoscape是蛋白相互作用的可视化软件，用户可以从官方下载地址（An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization）下载所需版本。以下载3.8.2版为例，安装过程需遵循软件指引，不建议自定义安装目录，以免软件无法正确识别安装位置。安装过程中，软件会自动安装所需的Java环境。
二、导入table文件打开软件：启动Cytoscape软件。导入文件：点击软件界面下方的相应按键（通常带有“Import”或文件图标），选择并打开蛋白相互作用的table文件。文件内容：导入的文件应至少包含source node（源节
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